Zriaďovatelia týchto škôl vymenúvajú riaditeľa na návrh príslušnej rady školy. Rada školy predkladá návrh na kandidáta na riaditeľa školy alebo riaditeľa školského zariadenia na základe výberového konania. Ak zriaďovateľ navrhnutého kandidáta neakceptuje, požiada radu školy o predloženie návrhu na nového kandidáta. Ak rada cirkevnej školy predloží návrh na kandidáta po druhom výberovom konaní, ktorý nespĺňa kritériá zriaďovateľa podľa výchovného zamerania školy, riaditeľa vymenúva zriaďovateľ (§ 3 ods. 12 zákona č. 596/2003 Z. z. o štátnej správe v školstve a školskej samospráve a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov).